Franziskus wurde 1510 als ältester Sohn von Johann von Borgia, Herzog von Gandia, und Johanna von Aragon geboren. Er verlor seine Mutter im Alter von 10 Jahren und wurde von seinem Onkel, dem Erzbischof von Saragossa, erzogen. Der junge Prinz wurde am Hof von Kaiser Karl V. untergebracht und heiratete die tugendhafte Eleonore von Castro, mit der er fünf Kinder hatte. Eine glorreiche Zukunft stand ihm bevor, als der Tod der Kaiserin Isabella im Jahre 1539 seine Gedanken völlig veränderte. Tief beeindruckt von den Verwüstungen, die der Tod an der Leiche der berühmten Prinzessin angerichtet hatte, beschloss Franz, dem Ehrgeiz, dem Neid und dem Vergnügen, den drei Geißeln der Höfe, zu entfliehen. Er wurde zum Vizekönig von Katalonien ernannt und führte das Leben eines sehr großen Christen, der sich bemühte, die Strenge, die er praktizierte, vor den Augen seiner Familie zu verbergen. Nach dem Tod seiner Frau trat er in die Gesellschaft Jesu ein, die er durch Begegnungen mit Ignatius von Loyola und seinen ersten Gefährten kennengelernt hatte. Er lehnte den Kardinalspurpur ab, war mehrere Jahre lang Generalkommissar der Jesuiten in Spanien und gründete dort neue Häuser, wenn auch nicht ohne Schwierigkeiten. Als dritter General seines Ordens trug er viel dazu bei, diesen zu stärken und zu verbreiten. Franz von Borgia starb am 30. September 1572 mit der zuversichtlichen Gelassenheit eines Mannes, der stets seine Pflicht erfüllt hat.