Hijo mayor de Juan de Borja, duque de Gandía, y Juana de Aragón, Francisco nació en 1510, perdió a su madre a los 10 años y fue criado por su tío, el arzobispo de Zaragoza. Colocado en la corte del emperador Carlos V, el joven príncipe se casó con la virtuosa Leonor de Castro, con la que tuvo cinco hijos. Un futuro glorioso se abría ante él cuando la muerte de la emperatriz Isabel en 1539 cambió por completo el curso de sus ideas. Profundamente impresionado por los estragos de la muerte en el cuerpo de la ilustre princesa, Francisco resolvió huir de la ambición, la envidia y el placer, las tres lacras de las cortes. Nombrado virrey de Cataluña, llevó la vida de un gran cristiano, cuidando de ocultar a su familia las austeridades que practicaba. A la muerte de su esposa, ingresó en la Compañía de Jesús, que había conocido a través de sus encuentros con Ignacio de Loyola y sus primeros compañeros. Rechazó la púrpura cardenalicia, y durante varios años fue comisario general de los jesuitas en España, estableciendo allí nuevas casas, no sin dificultades. Tras convertirse en tercer general de su Orden, hizo mucho por fortalecerla y propagarla. Francisco de Borja murió el 30 de septiembre de 1572, con la confiada serenidad de un hombre que siempre había cumplido con su deber.