Figlio primogenito di Giovanni di Borgia, Duca di Gandia, e di Giovanna d'Aragona, Francesco nacque nel 1510, perse la madre all'età di 10 anni e fu allevato dallo zio, l'Arcivescovo di Saragozza. Collocato alla corte dell'Imperatore Carlo V, il giovane principe sposò la virtuosa Eleonora di Castro, dalla quale ebbe cinque figli. Un futuro glorioso si stava aprendo davanti a lui, quando la morte dell'Imperatrice Isabella nel 1539 cambiò completamente il corso delle sue idee. Profondamente colpito dalle devastazioni della morte sul corpo dell'illustre principessa, Francesco decise di fuggire dall'ambizione, dall'invidia e dal piacere, i tre flagelli delle corti. Nominato viceré di Catalogna, condusse la vita di un grande cristiano, attento a nascondere le austerità che praticava alla sua famiglia. Alla morte della moglie, si unì alla Compagnia di Gesù, che aveva conosciuto grazie all'incontro con Ignazio di Loyola e i suoi primi compagni. Rifiutò la porpora cardinalizia e per diversi anni fu commissario generale dei Gesuiti in Spagna, fondandovi nuove case, non senza difficoltà. Dopo essere diventato terzo generale del suo Ordine, fece molto per rafforzarlo e propagarlo. François de Borgia morì il 30 settembre 1572, con la sicura serenità di un uomo che aveva sempre fatto il suo dovere.